Иркутская таможня начала свою историю в Иркутском остроге за пять лет до того, как Иркутску был присвоен статус города. Расцвет ведомства пришелся на конец XVII и первую половину XVIII веков, в период караванной торговли с Китаем. Именно через Иркутск в Москву везли шелка, хлопчатобумажные ткани, фарфор, фаянс, чай, а обратно – пушнину, кожу, сукно, железные изделия, пшеницу.
В 1792 году таможенные операции перенесли в Кяхту. А в 1861 году Иркутская таможня восстановила свою работу и получила первый класс так называемой складочной таможни, который имели лишь 10 из более чем 250 таможен страны. Этому способствовало открытие Транссиба. Через Иркутскую таможню в Россию и Европу поступало около 40% чая из Китая.
В октябре 1917 года была ликвидирована царская система таможенных органов. В начале 1929 года прекратила работу и Иркутская таможня. Возобновление деятельности произошло в 1950 году. И регион деятельности Иркутской таможни охватывал всю Сибирь. Из нее, можно сказать, вышли такие региональные таможни, как Новосибирская, Красноярская, Томская, Омская, Кемеровская, Алтайская и других.
В таможенных органах вот уже в течение двух лет проводится административная реформа. Она вводит центры электронного декларирования, в которых теперь будут принимать таможенные декларации в электронном виде. В России действует 16 таких центров. Иркутская таможня продолжает обычную работу – кроме приема, регистрации и выпуска таможенных деклараций, за исключением случаев, когда подача данных документов в электронном виде невозможна. Таких деклараций за первый квартал текущего года было оформлено 345. Действует 10 постов Иркутской таможни. За первые три месяца 2021 года таможня перечислила в федеральный бюджет 2,29 миллиарда рублей таможенных платежей.
Реформа таможенных структур привела к тому, что Иркутская таможня стала работать в статусе таможни фактического контроля. В ведомстве была создана служба таможенного контроля после выпуска товаров. 
Наши таможенные посты провели 438 таможенных досмотров, а также 1719 таможенных осмотров и наблюдений. Эффективность этой работы, по сравнению с аналогичным периодом 2020 года, выросла в четыре раза. 91,6% таможенных досмотров было проведено в отношении леса и лесоматериалов. На 37% выросло количество выявленных правонарушений – вывоза незадекларированных лесоматериалов. Всего за январь – март 2021 года Иркутская таможня возбудила восемь уголовных дел, связанных с контрабандой лесоматериалов неизвестного происхождения. Общий объем незаконно вывозимого леса – 12,8 тысячи кубометров, это в 2,7 раза больше, чем в аналогичном периоде 2020 года. В семи уголовных делах речь идет о вывозе в Китай пиломатериала хвойных пород низкой обработки, в одном – круглого леса лиственных пород (осина), вывозимого в Узбекистан.
Совместно с правоохранительными органами иркутские таможенники в 2021 году уже выявили более девяти тысяч единиц контрафактной продукции, которую пытались ввезти на территорию РФ через посты Иркутской таможни.
Таможенный пост Иркутского аэропорта за первые три месяца 2021 года оформил 37 воздушных судов, которые выполняли международные рейсы, а через таможенную границу в аэропорту прошло более 1,6 тысячи человек. Рейсы привозили трудовых мигрантов из стран Средней Азии. Таможенники выявили незаконно ввозимые в РФ сигареты и партии некурительной табачной смеси «насвай» общим весом 36,5 килограмма. 
Иркутская таможня в первом квартале 2021 года возбудила 648 дел об административных правонарушениях. Это на 21% выше, чем в прошлом году. 350 дел об административных правонарушениях (54%) возбуждено по фактам недостоверного декларирования лесоматериалов, 157 из них – по фактам вывоза грубо окантованного леса под видом обработанных пиломатериалов.
